去了争冠资格，总经理卡尔蒙德坐不住了，要求福格茨退回到传统教练模式上来。
赛季结束，勒沃库森最终取得了第四名的成绩，福格茨勉强保住了冠军联赛的参赛资格，然而却保不住饭碗，与福格茨一同离开的还包括利特巴斯基和罗尔夫，只留下托尼.舒马赫收拾残局。
在试验失败之后，勒沃库森重走传统路线，这次他们选中的是前波鸿和萨尔布吕肯主教练托普.穆勒，其实，早在福格茨上台前，勒沃库森就已经力邀他加盟，但当时萨尔布吕肯队不肯放人。
托普穆勒的到来，的确给球队带来耳目一新的感觉，在2001/2002赛季，虽然一度曾跌至联赛第5，但是球队凭借漂亮的攻势足球与坚强的意志，在联赛第13轮重新夺回“黄色领骑衫”，这一情况一直保持到联赛倒数第三轮。
在冠军联赛赛场上，小组赛分入死亡之组的勒沃库森也一路高歌猛进，面对拉科鲁尼亚、尤文图斯与阿森纳的挑战，勒沃库森以三胜一平两负的战绩勇夺小组第一。
淘汰赛中，勒沃库森1/4决赛对阵利物浦，在首场0∶1失利的不利局面下，次回合绝地反击，完成逆袭，也终结了利物浦欧洲两大杯赛15场客场不败的纪录。
在半决赛中，勒沃库森又依靠两个平局以客场进球优势淘汰了曼联，与皇马会师冠军联赛决赛。
在德国杯中，勒沃库森也是一路过关斩将，在决赛中.将面对沙尔克04的挑战，代表欧洲顶尖豪门的俱乐部组织g14也通过决议，接纳勒沃库森成为g14正式成员。
就在勒沃库森人信心满满夺取“三冠王”的时候，悲剧一个接着一个的发生了，先是在联赛第33轮，球队出人意料地以0∶1输给了保级球队纽伦堡，而萨默尔率领的多特蒙德则趁机夺走了联赛第一宝座并笑到了最后，随后在5月11日在先进一球的有利情况下被沙尔克4∶2逆转，痛失德国杯，四天之后，他们又倒在了齐达内的“天外飞仙”之下，1∶2输掉了赛季最后一场，也是最重要的一场比赛，从三冠王跌落成前无古人的“三亚王”。
紧接着，一个更坏的消息传来，中场双核泽.罗伯托与巴拉克双双被拜仁挖走，只是当时他们还没完全意识到这笔交易的毁灭性后果。
勒沃库森的2002/2003赛季依然在一片歌舞升平中开始了，球队管理层以及托普.穆勒已经被上个赛季的辉煌冲昏头脑，在卖走巴拉克、泽-罗伯托等绝对主力后，仅仅买来名不副实的西马克和弗兰萨作为替代品，妄想三线出击，在上个赛季辉煌的基础上再进一步。
然而，竞技体育终究还是靠实力说话，在联赛当中，勒沃库森首轮便被弱旅科特布斯逼平，第三轮2∶4惨败于鱼腩球队波鸿，从此战绩一泻千里，直到联赛倒数第二轮，才依靠贝尔巴托夫的出色表现以3∶0大胜慕尼黑1860，仓皇逃脱降级的命运。而赛季初信心满满的托普穆勒，在冬歇期刚过，便被俱乐部解职，勒沃库森当时的表现已经跌到了历史最低点。
托普.穆勒的继任者是预备队主教练托马斯.霍尔斯特，事实证明，霍尔斯特远不如他的前任，德国杯被淘汰，冠军联赛第二阶段小组赛更是创造了六战皆北的丑闻，甚至还引来了国际足联主席布拉特斥责。
联赛倒数第三轮，当勒沃库森再一次习惯性地以1∶4惨败于汉堡，忍无可忍的卡尔蒙德解雇霍尔斯特，请来了前拜仁传奇球星奥根塔勒。
换帅如换刀，在奥根塔勒的率领下，球队在最后两轮分别战胜慕尼黑1860和纽伦堡，奇迹般地保级，也算是这个不幸赛季中的万幸。
虽然勒沃库森仓皇保级，但是对球队以及整个德甲联赛都造成了难以抹平的伤痕。对于球队而言，错失了在欧洲豪门圈站稳脚跟的最好机
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